El año 1953, el gobierno boliviano manifestó su predisposición para permitir la llegada de migrantes. En enero de 1954, el gobierno japonés envió a un grupo de investigadores para estudiar el lugar de inmigración (San Juan).
En agosto de 1954 el ingeniero Toshimichi Nishikawa, con experiencia en la fabricación de azúcar en la isla de Java del océano Pacífico, recibió una instrucción del Ministerio de Relaciones Exteriores del Japón. Él inspeccionó el lugar y elaboró el proyecto de fabricación de azúcar, además estableció la Cooperativa Agrícola Japonesa de Santa Cruz, al mismo tiempo, eligió la zona de San Juan como lugar de producción y solicitó la concesión de tierra al gobierno boliviano en el año 1955.
El 21 de junio de 1957 llegó el primer grupo planificado de inmigrantes, compuesto por 25 familias (159 personas), que fueron convocadas a nivel nacional a través de las oficinas de la Federación de Asociaciones del Ultramar, ubicada en todas las prefecturas de Japón. Desde entonces, hasta febrero de 1992, llegó el grupo de inmigrantes Nº53, un total de 1.684 personas, compuestos por 302 familias (1.633 personas) y 51 solteros.
La llegada de inmigrantes japoneses, y de bolivianas y bolivianos provenientes de diferentes zonas del interior del país, al presente es una mezcla de estas en todos los ámbitos de sus manifestaciones culturales, económicas y políticas.
En fecha 23 de junio de 1997 se proclama al Santo Juan Bautista como patrono de San Juan.
El 26 de julio del año 2001 se promulga la Ley Nº2233, que en su Artículo 1 declara: “Créase la Cuarta Sección de la Provincia con capital la localidad San Juan de la Provincia Ichilo del Departamento de Santa Cruz”.
En las Elecciones Municipales de diciembre del 2004, el pueblo de San Juan, por primera vez, elige a sus primeras autoridades municipales del Gobierno Autónomo Municipal, que en junio del 2005 inician su ejercicio constitucional.
En el año 2009 San Juan es nominado por el Gobierno boliviano, como CAPITAL NACIONAL DEL ARROZ (Feria del Arroz).
Durante este desarrollo democrático, se crean los Símbolos Municipales como la Bandera y el Escudo el 26 de julio del 2011 y el Himno en el año 2019.